Проверить уставные документы, выявить на сколько компания давно на рынке, помойка или нет. Можно даже в налоговой запросить по ней выписку.
В интернете есть форумы и другие источники, в которых годами собирается информация о недобросовестных заказчиках, подрядчиках, поставщиках.
Правильно оформлять все взаимоотношения юридически. Это поможет в случае неприятной ситуации обратиться в суд и получить свое. Правда это не быстро и хлопотно, но лучше, чем ничего.
Проводить личные встречи, брать сканы документов, расписки. По разным сведениям расписка и может и не может одновременно иметь силу в суде, тем не менее поможет найти в случае чего человека.
но и все это не гарантирует получение денег. по окончанию работы или суда деньги ещё выбить надо